《办法》明确，城乡冷链和国家物流枢纽建设中央预算内投资专项(以下简称“专项”)支持方向包括3方面：一是物流基础设施补短板项目。重点支持已纳入年度建设名单的国家物流枢纽、国家骨干冷链物流基地内的公共性、基础性设施补短板项目，包括多式联运转运设施项目，高标准公共仓储设施新建、改扩建及智能化改造项目，保税仓储设施项目，公共物流信息平台和信息化提升项目等。二是冷链物流设施项目。重点支持服务于肉类屠宰加工及流通的冷链物流设施项目(不含屠宰加工线等生产设施)，公共冷库新建、改扩建、智能化改造及相关配套设施项目。三是按照党中央、国务院决策部署，需要支持的其他物流基础设施项目。单个项目支持标准原则上不超过该项目符合专项支持方向的核定投资的30%，最高不超过5000万元。
《办法》规定，各省、自治区、直辖市及计划单列市、新疆生产建设兵团发展改革委(以下简称“省级发展改革委”)、中央管理企业等为项目汇总申报单位，负责本地区、本系统的项目储备、申报和管理等工作。国家发改委组织专家进行评审，研究形成符合支持方向的项目清单，由项目汇总申报单位复核，统筹平衡后研究形成年度中央预算内投资计划和绩效目标，按程序报批后下达。其中，中央管理企业项目按项目下达年度中央预算内投资计划。地方项目以切块方式下达年度中央预算内投资计划，省级发展改革委在符合支持方向的项目清单范围内，将投资计划和绩效目标分解到具体项目并报国家发展改革委备案。项目汇总申报单位转发下达或分解下达时，要充分发挥中央预算内投资的投资引导和补足作用，支持社会投资积极性不强的公共性、基础性项目建设。
《办法》强调，相关中央管理企业、省级发展改革委应加大对项目及绩效目标执行情况的监督检查力度，协调解决项目建设中存在的问题，加快项目建设进度，确保项目建设质量。国家发改委将不定期抽查项目建设情况。对发现问题区分不同情况给予严肃处理，同时可视情节轻重提请或移交有关机关依法追究有关责任人的行政或者法律责任。
